Атлас изправи рамене“ не е пророчество за неизбежно унищожение; той е манифест за начина, по който можем да го избегнем, ако се променим. Романът „Атлас изправи рамене“ е структуриран в три основни части, всяка от които се състои от десет глави. Частите и главите имат заглавия, които са носители на няколко пласта от значения. Всяка една от трите части е наречена по законите на логиката на Аристотел. Първата част е озаглавена „Не им противоречи“ и съответно първата третина от книгата сблъсква двама отлични бизнесмени, Дагни Тагарт и Ханк Риърдън — а с тях и читателя — с поредица от привидни противоречия и парадокси, без видими логични решения. Втората част, озаглавена „Дали-или“, се фокусира върху борбата на Дагни Тагарт да разреши една дилема: дали да продължи битката за спасяване на бизнеса си или да се откаже. Третата част носи заглавието „А е А“ и символизира онова, което Ранд нарича „закон за тъждеството“ и тук всички привидни противоречия биват открити и разрешени от Дагни и Риърдън, а с тях — и за читателя. Разказът се води основно от гледната точка на Дагни, красива и невероятно компетентна жена, оперативен директор на най-голямата железопътна компания в страната — „Тагарт трансконтинентал“. Основната сюжетна линия описва опитите на Дагни да разбере причината за на пръв поглед необяснимото рухване на железопътната й компания и на индустриалната цивилизация, и едновременно с това упоритото, отчаяно търсене на двама непознати мъже. Единият е изобретателят на изоставен двигател, който е толкова революционен, че би могъл да промени света; другият е мистериозна фигура, който като някакъв извратен Хамелински свирач сякаш нарочно се е посветил на това да отнема от обществото най-способните му и талантливи хора; невидим унищожител, който, както смята тя, „източва мозъците на света“